Il Department of Energy’s Oak Ridge National Laboratory sta tentando di capire come comprendere più facilmente il funzionamento delle proteine e per farlo ha utilizzato simulazioni computerizzate del Titan, il supercomputer più veloce negli Stati Uniti, con una potenza di calcolo notevolmente superiore alla media.
Grazie al supercomputer, i ricercatori, tra cui Jeremy Smith, direttore del Centro dell’ORNL per la biofisica molecolare, riescono a vedere le proteine come non sono mai state viste prima, con un livello di dettaglio, per quanto riguarda anche i più singoli movimenti, senza precedenti.

“Abbiamo utilizzato una notevole potenza di calcolo per fornire un quadro concettuale unitario dei movimenti delle proteine su una vasta gamma di proiezioni temporali, dalle lunghezze temporali molto più brevi del tempo atomico (picosecondi) fino ai tempi di vita delle proteine nelle cellule (circa 1000 secondi)”, dichiara Smith nella nota pubblicata a seguito dello studio.

Lo studio avrebbe già rivelato che i movimenti in una singola molecola proteica sembrano uguali sia che tu osservi la molecola in un periodo di tempo calcolabile in picosecondi sia in tempi calcolabili in centinaia di secondi.
Per la ricostruzione di un quadro più completo della dinamica delle proteine, i ricercatori hanno unito la potenza del Titan con quelle di altri due supercomputer, Anton, un computer parallelo costruita da DE Shaw Research, e Hopper, un supercomputer del National Energy Research Scientific Computing Center situato presso il Lawrence Berkeley National Laboratory.
La relazione The Dynamics of Single Protein Molecules is Non-Equilibrium and Self-Similar Over Thirteen Decades in Time è stata resa pubblica su Nature Physics ed è stata eseguitada Xiaohu Hu, Liang Hong, Micholas Dean Smith, Thomas Neusius, Xiaolin Cheng & Jeremy C. Smith.

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